Oficjalną datą założenia szkoły w Jaszunach uznaje się 14 września 1900 roku (według kalendarza juliańskiego – 1 września). Powstanie szkoły było wynikiem decyzji mieszkańców Jaszun. Ówczesny właściciel miejscowości, Jan Baliński (wnuk patrona szkoły, Michała Balińskiego), przekazał działkę pod budowę szkoły. Przez pierwsze trzy lata nauka odbywała się w chacie chłopa Iwana Nakrewicza, o czym dowiadujemy się z listu inspektora Nesterowicza do dyrektora Wileńskich Szkół Ludowych z dnia 14 sierpnia 1900 roku. Nauczanie odbywało się w języku rosyjskim.
W 1903 roku wybudowano nowy budynek szkoły i od 14 września tego samego roku zajęcia prowadzono już w nowych pomieszczeniach. W budynku znajdowała się sala lekcyjna, kuchnia oraz dwupokojowe mieszkanie dla nauczyciela.
W latach 1915–1918 szkoła nie funkcjonowała – budynek zajmowali żandarmi oraz niemieccy urzędnicy. Jesienią 1919 roku w Jaszunach działały już dwie szkoły polskie: jedna mieściła się w starym budynku szkolnym, druga – w zabudowaniach gospodarczych dworu.
W 1938 roku pojawił się projekt utworzenia siedmioklasowej szkoły, jednak wszystkie plany przekreślił wybuch wojny. W listopadzie 1939 roku władze litewskie wprowadziły zmiany, w wyniku których nauczanie odbywało się w języku litewskim, a język polski stał się jednym z przedmiotów nauczania. Nauczyciele byli zobowiązani do nauki języka litewskiego oraz zdania odpowiedniego egzaminu do sierpnia 1940 roku. Jednak już w czerwcu 1940 roku rozpoczęły się procesy sowietyzacji. Rok szkolny 1941/1942 szkoła rozpoczęła jako szkoła radziecka – obowiązkowa stała się nauka języka rosyjskiego, wprowadzono przedmiot języka rosyjskiego, natomiast językiem nauczania ponownie został język polski. W tym samym czasie otwarto również szkołę litewską.
Rok szkolny 1941/1942 rozpoczął się już pod okupacją niemiecką. Językiem nauczania był język litewski. W klasach początkowych lekcje odbywały się po polsku, natomiast w klasach 5–6 nauczano także języka niemieckiego. W lipcu 1944 roku Armia Radziecka wyzwoliła te tereny spod okupacji niemieckiej i w latach 1944–1946 zajęcia ponownie prowadzono w języku polskim.
W 1947 roku szkoła została przekształcona w progimnazjum, w którym nauczanie odbywało się po rosyjsku, a od września została przeorganizowana w pięcioletnie gimnazjum. W roku szkolnym 1948/1949 nauczano wyłącznie w języku rosyjskim.
1 stycznia 1949 roku szkoła ponownie stała się szkołą siedmioklasową, a w latach 1949–1951 stopniowo oddawano do użytku nowy budynek. W 1950 roku spośród 13 pedagogów tylko jedna nauczycielka była Litwinką, pozostali byli Rosjanami.
W roku szkolnym 1951/1952 ponownie wprowadzono naukę języka polskiego dla dzieci z rodzin polskich.
Od 1 września 1954 roku szkoła uzyskała status szkoły średniej. Klasy 1–3 (łączone) uczyły się w języku polskim, natomiast starsze klasy wyłącznie po rosyjsku. Łącznie uczęszczało tu prawie 300 dzieci z miasteczka, okolicznych wsi (Nowosady, Gojus, Degucie, Lenkiszki, Papiernia, Dajnawa, Sliżuny) oraz ze stacji kolejowej w Jaszunach. Naukę kontynuowali tu również uczniowie ze szkół początkowych w Dajnowie, przy stacji kolejowej w Jaszunach, w Terejszyszkach, Sokołach, Bojkach, Skubietach, Podbrodziu, Sliżunach, Kiedarach, Piłokajniach, Jaglimajniach i Zawiszańcach.
Wiosną 1957 roku szkołę ukończył pierwszy rocznik maturzystów: 8 uczniów klasy dziesiątej oraz 10 uczniów klasy jedenastej, kształcących się w języku rosyjskim.
W roku szkolnym 1958/1959 utworzono połączoną klasę 1–3 z nauczaniem w języku litewskim. Nadal funkcjonowały klasy 1–7 z polskim językiem nauczania. W kolejnym roku językiem nauczania w klasach 1–9 był język polski.
Wiosną 1962 roku po raz pierwszy szkołę w Jaszunach ukończyli uczniowie klas polskich. Rozpoczęła się budowa murowanego budynku szkoły.
W 1963 roku egzaminy zdawała jedynie klasa jedenasta z polskim językiem nauczania (nie było rosyjskiej klasy jedenastej z powodu reform – szkoła ponownie stała się dziesięcioletnią).
Wiosną 1965 roku 224 uczniów uczyło się po polsku, 185 po rosyjsku, a 5 po litewsku. Jednak już w 1966 roku absolwentami szkoły zostało 16 uczniów klasy dziesiątej uczących się po rosyjsku oraz 8 uczniów klasy jedenastej uczących się po polsku.
W 1967 roku 214 uczniów pobierało naukę w języku polskim, 224 w rosyjskim, a 7 w litewskim.
Od 1967 roku liczba uczniów w klasach polskich zaczęła gwałtownie maleć.
W latach 1969–1970 szkołę ukończyło 309 uczniów uczących się po rosyjsku oraz 154 uczniów uczących się po polsku.
We wrześniu 1970 roku 348 uczniów uczyło się po rosyjsku, 160 po polsku i 8 po litewsku.
We wrześniu 1971 roku 355 uczniów pobierało naukę po rosyjsku, a 140 po polsku. Klas litewskich już nie było, mimo że dyrektorem szkoły był Litwin.
W roku szkolnym 1975/1976 szkoła osiągnęła rekordową liczbę uczniów – 630.
Od 1979 roku liczba uczniów zaczęła spadać; w latach 1984–1985 było ich 496. W 1985 roku uczniowie klas polskich stanowili zaledwie 20% wszystkich uczących się.
1 września 1981 roku rozpoczęła działalność nowa murowana szkoła.
Od 1984 roku ponownie pojawiły się klasy z litewskim językiem nauczania. Były to klasy początkowe, a uczniowie kontynuowali naukę w rejonie wileńskim, w szkole w Mariampolu.
Dzięki krajoznawcom Juozasowi Lebionce, a później Romualdowi Naruncowi historia szkoły w Jaszunach została ocalona od zapomnienia, a 18 grudnia 1988 roku szkole nadano imię Michała Balińskiego.
Choć w gminie Jaszuny ponad 75% mieszkańców stanowili Polacy, klasy polskie były bardzo nieliczne.
W roku szkolnym 1985/1986: 376 uczniów uczyło się w klasach rosyjskich, 101 w polskich oraz 9 w litewskich klasach początkowych.
W szkole dominował język rosyjski.
Rozwój nauczania w języku polskim w Jaszunach nastąpił od 1988 roku, kiedy na Litwie odrodziła się społeczność polska. Z czasem liczba pierwszoklasistów w klasach polskich zrównała się z liczbą uczniów klas rosyjskich.
Od 1991 roku klasy z litewskim językiem nauczania zostały wydzielone i przeniesione do nowej szkoły dziewięcioletniej (od 1993 roku przekształconej w szkołę średnią, której 7 października 1993 roku nadano nazwę „Aušra”).
We wrześniu 1991 roku w szkole uczyło się 344 uczniów w klasach rosyjskich oraz 149 uczniów w klasach polskich.
W latach 1993–1994 szkoła została podzielona: w jednej części uczyły się klasy polskie, w drugiej – rosyjskie.
Po akredytacji programu kształcenia średniego, od 19 czerwca 2014 roku Szkoła Średnia im. Michała Balińskiego w Jaszunach w rejonie solecznickim została przekształcona w Gimnazjum im. Michała Balińskiego w Jaszunach rejonu solecznickiego.
Obecnie Gimnazjum im. Michała Balińskiego w Jaszunach jest szkołą z polskim językiem nauczania. Dyrektorem gimnazjum jest Mirosław Mickielewicz.